L’Organisation du baseball japonais est proche à  l’organisation américaine. NPB (Nippon Professional Baseball) se compose également de deux ligues (Centrale et Pacifique). Dans la ligue Pacifique existe la règle du frappeur déterminé, alors que dans la ligue  Centrale cette règle n’existe pas. Il y a aussi deux ligues juniors, représentées par les équipes filiales.

Les gagnants des ligues jouent les uns contre les autres jusqu’à sept victoires maximum dans les Séries Mondiales Japonaises. La différence principale entre la NPB et la LMB – c’est que dans la LMB il n’existe jamais de matches nuls, parce que le jeu continue jusqu’à ce qu’on détermine le vainqueur. Dans la NPB le jeu dure maximum 12 manches (dans les séries japonaises de jeux – 15 manches), si après on n’a pas de gagnants, le jeu est considéré comme un match nul.
Les joueurs de baseball japonais fréquentent aussi la LMB, mais selon l’accord entre la LMB et la NPB, on doit payer une compensation en argent pour un joueur. Etant donné que les clubs japonais sont assez riches, parfois la compensation en argent est assez considérable (par exemple, il y a deux ans le lanceur Daisuke Matsuzaka a passé à « Boston Red Sox » pour 50 millions de dollars). Cependant, pas tous les clubs de la LMB sont prêts à payer une somme pareille. Ils croient qu’il est préférable d’attendre le moment de la terminaison du contrat du joueur avec un des clubs, et puis on peut signer le nouveau contrat avec lui.