Організація японського бейсболу дещо схожа на американську. NPB (Nippon Professional Baseball) також складається з двох ліг (Пасіфік та Центральна). В одній з цих ліг існує правило назначеного хіттера (Пасіфік), в той час, як у Центральній такого правила немає. Також існує дві молодші ліги, в яких виступають дочірні команди.

Переможці ліг грають між собою до сьомої перемоги у Всесвітніх Японських Серіях. Основна відмінність між NPB та MLB – у матчах MLB ніколи не може бути нічиєї, тому що гра триває, поки не буде визначений переможець. В NPB рахунку нічиєї не існує, оскільки гра триває максимум до 12 іннінгу (в Японських серіях ігор – до 15), якщо і після цього немає переможців, то гра вважається нічиєю.

Японські бейсболісти теж часті гості MLB, але згідно договору між MLB та NPB за гравця треба платити грошову компенсацію. Оскільки японські клуби доволі заможні, то інколи компенсація досягає значної суми (наприклад, пітчер Дайсуке Мацузака два роки тому перейшов до Бостон Ред Сокс за 50 мільйонів доларів). Втім, не всі клуби MLB згодні платити такі гроші. Вони вважають, що краще дочекатися моменту, коли у гравця закінчиться контракт з одним із клубів і з ним можна буде заключити нову угоду.